L'Observatoire de la Côte d'Azur est un établissement composante de l'Université Côte d'Azur, qui co-habilite l'école doctorale en Sciences Fondamentales et Appliquées (ED.SFA). L'ED-SFA est habilitée à attribuer les Mentions de Spécialités suivantes : Chimie, Matériaux, Mécanique numérique et matériaux, Mathématiques Numériques, Calcul Intensif et Données, Mathématiques, Mécanique, Physique, Sciences de l'Environnement, Sciences de la Planète et de l'Univers, Sciences pour l'Ingénieur.
Des personnels de l'Observatoire contribuent à l'enseignement doctoral, soit en proposant des cours organisés par l'école doctorale ou alors en contribuant aux enseignements de mineures organisés par l'EUR SPECTRUM.