Projets

Détails
  • alps : Simulation par dynamique moléculaire d’un motif protéique particulier, le motif ALPS pour ArfGAP1 Lipid Packing Sensor.
  • amas : Formation des amas de galaxies, évolution des propriétés des galaxies dans les amas, à partir de simulations hydro.
  • autograv : Le rôle de l’instabilité gravitationnelle dans l’évolution du Système Solaire
  • biodiv : Analyses de biodiversité
  • calcul-parallele-dynamique Librairie d’objets C++/ObjC/MPI pour le calcul parallèle en système dynamique..
  • ccsn
  • cosmo : : L’évolution d’un disque d’accrétion auto-gravitant autour d’un trou noir.
  • dynfailles
  • eltprep : Tache "Observing conditions prediction tools" du programme ELT-Prep du FP7 européen
  • emcfi : Etude des contraintes d’orthogonalité sur la méthode EMFCI.
  • euler : Calcul à haute précision des singularités de l’équation d’Euler
  • evolution
  • gaia
  • gsquant : Mise en évidence d’un phénomène de quantisation de la variabilité basse-fréquence du Gulf Stream pour des modèles baroclines.
  • hdust : Modélisation d’environnement stellaire de gaz et poussière dans les étoiles chaudes.
  • helio : Heliosismologie locale
  • instabilite-de-sillages
  • lisa : Simulations numériques pour modéliser le signal gravitationnel de la population cosmologique des systèmes binaires d’étoiles à neutrons.
  • lbdv
  • medec
  • mhd Instabilité magnetohysrodynamique, effet dynamo et ondes d’Alfven
  • modelmyxo : Modélisation du mouvement collectif de myxobactéries
  • nematodes parasites de plantes : Génomique et transcriptomique des nématodes parasites de plantes
  • nbody : Mécanismes de destruction et d’évolution des petits corps du Système Solaire
  • plasma : Turbulence et structures dans les plasmas magnétisés
  • planeto : Formation et évolution des planètes géantes dans le disque proto-planétaire
  • rhesus : Rhéologie de suspensions concentrées
  • scidar : dépouillement par algorithme de "recuit simulé" de données qui proviennent du Dôme C en Antarctique
  • seiscope : Modélisation numérique de la propagation d’ondes sismiques
  • simeca : SIMulation pour Etoiles Chaudes Actives
  • sio : Modélisation stellaires
  • spectres_ro-vibrationnels : Analyse et prédiction des spectres ro-vibrationnels de molécules importantes dans les atmosphères planétaires.
  • stars : Magneto-convection dans les atmosphères stellaires
  • statflow : out of equilibrium statistical mechanics of geophysical flows.
  • svv-les-sillages : Simulation des grandes échelles de sillages turbulents.
  • thermos
  • transport
  • virgo : Analyse des données du fond gravitationnel stochastique pour le projet LIGO-Virgo
  • wrf : Simulation des écoulements atmosphériques pour la prévision du seeing astronomique

alps

Simulation par dynamique moléculaire d’un motif protéique particulier, le motif ALPS pour ArfGAP1 Lipid Packing Sensor.
Pour cela il est nécessaire de créer différents modèles de membranes tout atomes afin de simuler les défauts de packing des lipides et d’analyser les interactions entre ces lipides et ce motif protéique. De nombreuses simulation de dynamiques moléculaires de ces gros systèmes sont nécessaires afin de comprendre ce mécanisme de senseur de courbure membranaire.

amas

Formation des amas de galaxies, évolution des propriétés des galaxies dans les amas, a partir de simulations hydro

autograv

Le rôle de l’instabilité gravitationnelle dans l’évolution du Système Solaire

biodiv

Analyses de la biodiversité des micro-organismes dans l’environnement
Comparaison de séquences ADN

calcul-parallele-dynamique

Librairie d’objets C++/ObjC/MPI pour le calcul parallèle en système dynamique.
Pour réduire le temps passé a programmer des simulations qui partagent les même techniques de résolution, j’ai développé un framework multithread (machines multicœurs) pour résoudre des équations de réaction-diffusion. Je travaille actuellement sur une version MPI et je souhaiterai pouvoir tester en grandeur nature sur un grand nombre de cœurs les performances de ce framework. Il s’agit de tests extrêmement courts (quelques minutes), mais sur beaucoup de cœurs.

cosmo

ccsn

  • les atmosphères stellaires et les core-collapse supernovae.
  • Contact : : Thierry Lanz, Luc Dessart

dynfailles

Dynamique de failles et séismes

  • Contact : Antony Sladen

eltprep

taches "Observing conditions prediction tools" du programme ELT-Prep du FP7 européen

emcfi

Étude des contraintes d’orthogonalité sur la méthode EMFCI.
Nous avons développé une méthode d’une grande précision pour le calcul des états électroniques moléculaires fondamentaux et excités : la méthode EMFCI ``Electronic Mean-Field Configuration Interaction’’. Toutefois le calcul des éléments de la matrice de l’opérateur hamiltonien est très coûteux dans cette méthode. Le but du projet est d’étudier le gain en temps calcul que peuvent apporter les contraintes géométriques dites de ``p-orthogonalité’’ récemment proposées.

  • http://math.unice.fr/equipes/sdi/in...
  • Contact :Patrick Cassam-Chenaï
  • Biblio :
    • P. Cassam-Chenaï, The electronic mean-field configuration interaction method : I. Theory and integral formulas. The Journal of Chemical Physics 124, p.194109-194123, (2006)
    • P. Cassam-Chenaï, G. Granucci, The electronic mean-field configuration interaction method : II. Improving Guess Geminals, Chemical Physics Letters, 450, p.151-155, (2007).

euler

Calcul à haute précision des singularités de l’équation d’Euler

evolution

Modélisation couplée de l’évolution stellaire et planétaire Utilisation des codes CEPAM et CESAM ; calculs d’évolution pour différents paramètres

gaia

gsquant

Mise en évidence d’un phénomène de quantisation de la variabilité basse-fréquence du Gulf Stream pour des modèles baroclines.

  • http://www.inln.cnrs.fr/article.php...
  • Description : Le but du projet consiste a mettre en évidence un phénomène de quantisation de la variabilité basse-fréquence du Gulf Stream pour des modèles baroclines. Ce comportement a déjà été mis en évidence dans des modèles barotropes 1 et explique théoriquement dans 2. La difficulté vient du comportement hors-équilibre des modèles baroclines compares aux modèles barotropes, ou la turbulence meso-échelle/rectification ne permet plus l’utilisation de méthodes systèmes dynamiques/bifurcations. Concrètement il s’agit d’exhiber une relation de dispersion quantisee dans deux types de modeles baroclines : modèles quasi-géostrophiques (QG) et shallow-water (SW) respectivement. Concernant ce problème deux écoles s’affrontent, l’école "turbulent oscillator" (Berloff,Dewar,Hogg,McWilliams 3) vs. l’école "gyre mode" (Simonnet,Dijkstra,Ghil). Le mécanisme de l’oscillateur turbulent serait écarte du fait de la présence d’une relation de dispersion quantisée. Cette étude permet en outre d’avoir une compréhension plus profonde de la variabilité basse-fréquence dans les océans moyenne-latitude pousses par les vents et de leur couplage avec l’atmosphere.
    • Méthodes numériques : il s’agit d’integrer en temps des modeles SW/QG sur des périodes de 100ans, pour de nombreuses valeurs du paramètre de forçage (wind-stress) et/ou Reynolds a une résolution spatiale de 5 a 10km en version 2, 2.5 et 3 couches.
    • Références :
      • 1.Simonnet, E. : Quantization of the low-frequency variability of the double-gyre circulation, 2005. J. Phys. Oceanogr.,35, 2268—2290.
      • 2.Simonnet, E. : On the unstable discrete spectrum of the linearized 2-D Euler equations in bounded domains, 2008. Physica D, D237, 2539—2552.
      • 3.Berloff, P. ; Hogg, A.Mcc. ; Dewar,W. : the turbulent oscillator : A mechanism of low-frequency variability of the wind-driven ocean gyres, 2007. J. Phys. Oceanogr.,37, 2363—2386
    • Collaborateurs : Henk Dijkstra (Professor, IMAU, The Netherlands), Marianne Corvellec (Phd INLN) F.Bouchet (CNRS, INLN), E.Simonnet (CNRS, INLN).
  • Contact : E. Simonnet (INLN)

hdust

Modélisation d’environnement stellaire de gaz et poussière dans les étoiles chaudes.

helio

Heliosismologie locale

  • Description : Utilisation des donnees de l’heliosismologie haute resolution (GONG+, MDI, SDO) pour l’etude de la dynamique des couches subphotospheriques du Soleil.
    Production de cartes synoptiques et applications pour l’etude de l’activite solaire.
  • http://www.oca.eu/cassiopee/Equipes...
  • Contact :Thierry Corbard

lbdv

Bioinformatique sur invertébrés marins ; Contact : Philippe Dru
Phylogénie moléculaire ; Contact : , P Lapebie, Me Houlison

instabilite-de-sillages

  • Description : : On mènera des simulations numériques directes de sillages résultant de différents profils de vitesse.Une étude paramétrique sera menée en faisant varier la raideur et le minimum du profil de vitesse, ainsi que le confinement latéral.L’objectif est de vérifier les valeurs de ces paramètres pour lesquels on a une instabilité convective ou bien absolue, ceci en regard de résultats obtenus de manière théorique sur un modèle simplifié.Les calculs seront menés à l’aide d’un code spectral multi-processeur développé au laboratoire.
  • http://math1.unice.fr/equipes/mecad...
  • Contact :Richard Pasquetti
  • Images

lisa

Simulations numériques pour modéliser le signal gravitationnel de la population cosmologique des systèmes binaires d’étoiles à neutrons

medec

Deconvolution par la méthode de Monte Carlo

mhd

Instabilités et turbulence magnétohydrodynamiques.

modelmyxo

Modélisation du mouvement collectif de myxobactéries

Le mouvement d’une myxobactérie est modélisée par deux équations de Langevin. Pour étudier le mouvement collectif dans une colonie de bactéries, il faut en conséquence intégrer 2*N équations de Langevin, avec N le nombre de bactéries dans le système. Les équations de mouvement d’une bactérie sont couplées aux équations des bactéries dans le voisinage. Donc, une simulations consiste à intégrer 2*N équations de Langevin couplées. Les propriétés macroscopiques du système de bactéries devraient changer à haute et faible densités.

Les simulations envisagées nécessiteront de 15 à 50 cores pour des temps allant de 1 à 7 jours par simulations, pour chaque jeu de paramètres (1 simulation = l’intégration de 2*N équations = 1 CPU).

  • Contact : Fernando Peruani (Unice JADE )

nbody

Mécanismes de destruction et d’évolution des petits corps du Système Solaire

  • Sous projets :
    • Processus de collision : fragmentation et réaccumulation gravitationelle d’astéroïde et de comètes ; formation des familles
    • Processus de destruction par accélération du taux de rotation des petits corps et formation d’astéroïdes binaires
    • Évolution dynamique des astéroïdes cibles potentielles de missions spatiales et modification de leurs propriétés thermiques
    • Simulations parallèles N-corps de comportement de milieux granulaires pour comprendre la surface des astéroîdes
  • http://www.oca.eu/Cas_planeto/equip...
  • Contact :Patrick Michel
  • Images

nematodes parasites de plantes

Génomique et transcriptomique des nématodes parasites de plantes

  • Le projet Analyse comparative et évolutive des génomes et transcriptomes de différentes espèces de nématodes parasites de plantes. Comparaison de séquences, alignements, phylogénies, assemblage de génomes et transcriptomes. Alignement de lectures RNA-seq sur génomes et transcriptomes de nématodes. Mesure de niveau d’expression de gènes, recherche de gènes sous pression de sélection positive.
  • Contacts : : Martine DAROCHA , Etienne DANCHIN

planeto

Formation et évolution des planètes géantes dans le disque proto-planétaire

  • Sous-projets :
    • Èvolution d’un système d’embryons planétaires en présence d’un « piège à planètes » : arrêt de la migration de Type-I
    • Dynamique de Jupiter et Saturne : arrêt de la migration de Type-II
    • Configurations d’équilibres des 4 planètes géantes et conditions initiales pour leur évolution tardive
    • Neo : Etude de la dynamique des comètes provenant de la famille dynamique d’astéroÏdes appelée Themis et située dans la ceinture principale externe des astéroïdes. Il s’agit d’effectuer des intégrations numériques des planètes du Système Solaire et de plusieurs milliers de particules de la ceinture d’astéroïdes (code séquentiel)
  • http://www.oca.eu/Cas_planeto/equip...
  • Contact :Alessandro Morbidelli

plasma

turbulence et structures dans les plasmas magnétisés

rhesus

Rhéologie de suspensions concentrées

scidar

dépouillement par algorithme de "recuit simulé" de données qui proviennent du Dôme C en Antarctique

seiscope

Modélisation numérique de la propagation d’ondes sismiques dans des milieux acoustiques/élastiques 2D/3D. Schémas numériques fondées sur des méthodes de différences finies et de volumes finies (Galerkin discontinu) implémentés dans les domaines temps-espace et fréquence-espace.

  • Description : Dans le cas de la formulation fréquentielle, le problème numérique associe est la résolution de gros systèmes d’équations linéaires creux résolus a l’aide de solveurs directs massivement parallèles (MUMPS,Pastix) ou d’une méthode de décomposition en domaine fondée sur un solveur hybride direct-itératif et une approche par complément de Schur. Cette deuxième approche a été développée pour diminuer le coût mémoire des simulations fondées sur un solveur direct. Ces outils de modélisation sont interfaces au sein de codes l’imagerie sismique fondes sur des méthodes d’inversion du champ d’onde complet. Le problème inverse est résolu dans le domaine fréquentiel et est structure sous la forme de l’inversion successive de quelques fréquences discrètes en procédant des basses fréquences vers les hautes fréquences. Ces inversions sont des problèmes d’optimisation locale résolus itérativement avec des méthodes de gradient conjugues et une approche adjointe. La résolution du problème inverse nécessite la résolution du problème direct (modélisation des ondes) pour un grand nombre de sources.
  • http://seiscope.unice.fr
  • Contacts :Stéphane Operato, Jean Virieux
  • Images

simeca

SIMulation pour Etoiles Chaudes Actives

sio

Modélisation stellaires (structure, évolution, atmosphères)

spectres_ro-vibrationnels

Analyse et prédiction des spectres ro-vibrationnels de molécules importantes dans les atmosphères planétaires.
Nous avons développé en collaboration avec le Prof. J. Liévin de l’Université Libre de Bruxelles (projet TOURNESOL pour la collaboration Franco-Belge), une chaîne de codes numériques pour le calcul ab initio de spectres moléculaires de rotation-vibration. Les méthodes nouvelles mises au point et implémentées dans ces codes sont basées sur un traitement hiérarchique des couplages entre degrés de liberté de rotation-vibration. Elles ont permis de calculer les transitions rotationnelles (bandes P et Q) du méthane dans son état vibrationnel fondamental avec une précision inégalée. Nous avons ainsi démontré que nos méthodes étaient susceptibles de compléter utilement les bases de données spectroscopiques. Nous sommes à présent en phase d’exploitation de nos logiciels. Nous avons en particulier entrepris en collaboration avec L. Brown et G. Orton de la NASA (projet PNP) l’étude des états vibrationnels excités du méthane en vue de l’exploitation des données IR de la mission Cassini. D’autres molécules sont en cours d’étude avec des groupes à Montpellier et à Pau. Pour chaque nouveau système moléculaire, la détermination de la hiérarchie des couplages la plus efficace pourra être faite au mésocentre. Celle-ci ayant été établie, un calcul définitif pourra être lancé sur un des centres de calcul nationaux.

  • http://math.unice.fr/equipes/sdi/in...
  • Contact :Patrick Cassam-Chenaï
  • Biblio :
    • P. Cassam-Chenaï et J. Liévin, Alternative Perturbation Theory for the Molecular Vibration-Rotation Problem, International Journal of Quantum Chemistry, 93, p.245-264, (2003).
    • P. Cassam-Chenaï, Ab Initio Predictions for the Q-Branch of the Methane Vibrational Ground State, Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer, 82, p.251-277, (2003).
    • P. Cassam-Chenaï, J. Liévin, The VMFCI method : A flexible tool for solving the molecular vibration problem, Journal of Computational Chemistry, 27, p.627-640, (2006)
    • D. Bégué, C. Pouchan, N. Gohaud, P. Cassam-Chenaí, J. Liévin, A Comparison of Two Methods for Selecting Vibrational Configuration Interaction Spaces on a Heptatomic System : Ethylene Oxyde, The Journal of Chemical Physics, 127, p.164115-164124, (2007) and supplementary material.

stars

Magneto-convection dans les atmospheres stellaires

statflow

svv-les-sillages

Simulation des grandes échelles de sillages turbulents.
On s’intéresse à la simulation des grandes échelles de sillages turbulents par méthodes d’ordre élevé, sur la base d’une technique de viscosité spectrale évanescente. Cette approche est appliquée à différents problèmes tests, modèle de véhicule automobile ou colline 3D, dans le cadre du programme DFG-CNRS “LES of complex flows” ou encore à l’étude de sillages stratifiés thermiquement, en collaboration avec le CTSN (Toulon Navale).

thermos

Modélisation thermique des asteroides

  • Contact : [Marco Delbo]

transport

ligo-virgo

Analyse des données du fond gravitationnel stochastique pour le projet LIGO-Virgo

wrf

Simulation des écoulements atmosphériques pour la prévision du seeing astronomique

  • Contact : J. Vernin, C. Giordano